RDKit はケモインフォマティクスを行う上で、必要不可欠なツールです。 大体のことは RDKit で出来てしまうのですが、公式ドキュメントがめちゃくちゃわかりにくいという致命的な欠点があります。 私が使った範囲で、RDKit の機能についてメモを示します。 R…

RDKit にはさまざまな fingerprint が実装されています。 おそらく最もよく使われている fingerprint は Morgan fingerprint （ECFP）ですが、他にも MACCS Key や SMILES extended-connectivity fingerprint (SECFP)、MinHash fingerprint (MHFP) などの計…