###注意### 今回の記事は、新型コロナウイルス、ウクライナ戦争、政治に関する言及があります。全て私個人の感想であり、いかなる組織、国家、集団等の意見を代弁するものではありません。本記事閲覧の際は、上述の点に御留意下さい。 はじめに Bonjour! つ…

グラフ畳み込みニューラルネットワークのコードの例です。 R2 は -0.05 ぐらいと低いですが、計算自体は行えます。 （解説は近日追記） import numpy as np import pandas as pd import torch import torch.nn as nn import torch.nn.functional as F from t…

ニューラルネットワーク（深層学習）ブームは 2022 年現在も続いており、毎日新しい研究がニュースや SNS で話題となっています。ケモインフォマティクス分野でも例外ではなく、QSAR モデルや構造生成器、逆合成解析を始めとして様々な深層学習を用いた研究…

予測モデルを扱う際に、applicability domain (AD) を考慮することは重要です。AD を算出する方法としては k 最近傍法や one-class SVM、アンサンブル法などが代表的です。 決定木と言えば Light GBM や XGBoost、ランダムフォレストなどでお馴染みですが、…

RDKit はケモインフォマティクスをやるのに欠かせないライブラリです。 分子の描写など、色々できますが、分子記述子を算出することもできます。 ちなみに、Mordred も、RDKit をベースに記述子を計算しています。aimedchem.hatenablog.comRDKit で分子記述…

新年、明けましておめでとうございます。 今年の目標として、技術力向上を掲げているので、きちんと勉強して積極的にブログを更新していこうと思います。リハビリを兼ねて小ネタですが、RDKit の最新バージョンへの upgrade は conda で一発でできます。 con…