2022-01-01から1ヶ月間の記事一覧
グラフ畳み込みニューラルネットワークのコードの例です。 R2 は -0.05 ぐらいと低いですが、計算自体は行えます。 (解説は近日追記) import numpy as np import pandas as pd import torch import torch.nn as nn import torch.nn.functional as F from t…
ニューラルネットワーク(深層学習)ブームは 2022 年現在も続いており、毎日新しい研究がニュースや SNS で話題となっています。ケモインフォマティクス分野でも例外ではなく、QSAR モデルや構造生成器、逆合成解析を始めとして様々な深層学習を用いた研究…
予測モデルを扱う際に、applicability domain (AD) を考慮することは重要です。AD を算出する方法としては k 最近傍法や one-class SVM、アンサンブル法などが代表的です。 決定木と言えば Light GBM や XGBoost、ランダムフォレストなどでお馴染みですが、…
RDKit はケモインフォマティクスをやるのに欠かせないライブラリです。 分子の描写など、色々できますが、分子記述子を算出することもできます。 ちなみに、Mordred も、RDKit をベースに記述子を計算しています。aimedchem.hatenablog.comRDKit で分子記述…
新年、明けましておめでとうございます。 今年の目標として、技術力向上を掲げているので、きちんと勉強して積極的にブログを更新していこうと思います。リハビリを兼ねて小ネタですが、RDKit の最新バージョンへの upgrade は conda で一発でできます。 con…